正骨第二天后疼痛加重可能是正常现象、软组织挫伤、神经刺激、护理不当、医源性损伤等因素导致，建议进行针对性治疗。具体分析如下：

1.正常现象：如果患者骨折或脱臼时间较长，身体已经适应其变化，正位后可能出现疼痛严重的情况。患者应注意休息，有利于恢复。

2.软组织挫伤：正骨过程中，可能会对关节周围造成轻度损伤，此时患者容易出现轻微疼痛，一般可在短时间内自行恢复，通常不需要特殊治疗，只需注意局部保暖即可。

3.神经刺激：复位过程中，可能会牵拉关节周围神经，从而造成疼痛，但一般持续时间较短。如果没有出现其他不适症状，一般可自行恢复。

4.护理不当：患者在正骨后应适当休息，如果短期内从事重体力劳动，可能会对正骨的效果造成影响，致使患者出现上述症状，患者应避免过度劳累，合理休养，必要时前往医院进行诊治。

5.医源性损伤：如果医生在正骨过程中较为暴力或正骨技术欠佳，可能导致患者身体受损出现病症加重的情况，建议患者选择专业的正规医院进行正骨。

如果患者正骨后出现症状加重的情况，应及时前往医院明确病因后进行治疗，以免延误病情。