孔圣枕中丸具有安神益智、改善记忆的作用，主要用于治疗心悸怔忡、失眠健忘等症状。
孔圣枕中丸中的远志、石菖蒲等成分可宁心安神，缓解因思虑过度或情志不畅导致的心神不宁。这类患者通常伴有入睡困难、多梦易醒等表现，用药期间需避免浓茶、咖啡等刺激性饮品。
方剂内的人参、茯苓等药材能促进脑部血液循环，对用脑过度引起的注意力不集中、记忆力减退有一定改善作用。适用于学生、脑力工作者等群体，配合规律作息效果更佳。
通过黄芪、当归等药物调和心脾，改善心脾两虚引起的头晕乏力、食欲不振等伴随症状。长期体力透支或病后体虚者可在医生指导下使用。
龙骨、牡蛎等矿物质成分具有镇惊作用，能减轻心律失常导致的心慌胸闷感。心电图检查异常者须先明确病因，不可自行用药。
对于更年期综合征或轻度焦虑伴随的烦躁易怒、情绪波动，该方可通过整体调理起到辅助缓解作用。严重精神障碍患者需结合专业心理治疗。
使用孔圣枕中丸期间应保持情绪稳定，建议晚餐不宜过饱，睡前可用温水泡脚促进血液循环。服药两周后症状无改善或出现腹泻、皮疹等不良反应时须及时停药就医。儿童、孕妇及哺乳期妇女应在医师指导下谨慎使用，忌食生冷油腻食物以免影响药效。
