地包天矫正手术可能存在后遗症，但多数情况下可控且轻微。常见后遗症包括术后肿胀、暂时性咬合不适、神经感觉异常、牙齿松动度增加、复发倾向等。手术技术成熟度、个体差异及术后护理是影响后遗症发生概率的关键因素。
术后肿胀和疼痛是短期内最常见的反应，通常在一周内逐渐消退。咬合关系调整后可能出现咀嚼无力或不适感，需通过渐进性适应训练缓解。手术过程中若涉及下颌骨截骨，可能暂时影响下牙槽神经功能，导致下唇或牙龈麻木，多数患者在数月内自行恢复。正畸力作用下牙齿可能出现生理性松动，属于骨改建的正常现象，但需避免外力撞击。
少数情况下可能出现关节区不适或颞下颌关节功能紊乱，与咬合关系改变有关。骨愈合不良或感染风险较低，但糖尿病患者或吸烟人群需特别注意。术后正畸配合不足可能导致咬合关系复发，需严格遵循医嘱佩戴保持器。手术方案设计不当可能影响面部对称性，需选择经验丰富的颌面外科医师操作。
术后应保持口腔清洁，使用医用漱口水预防感染。避免进食过硬食物，定期复查咬合关系及骨愈合情况。出现持续疼痛、异常出血或感觉障碍需及时复诊。配合术后正畸治疗和肌肉功能锻炼，有助于稳定矫正效果。长期随访数据显示，规范操作的地包天矫正手术远期效果良好，严重后遗症发生率较低。
