紧急避孕药偶尔正确使用伤害通常不大，但频繁使用可能导致月经紊乱、内分泌失调等健康问题。
紧急避孕药的主要成分是大剂量孕激素或抗孕激素，其作用机制是通过抑制排卵、阻止受精或干扰受精卵着床来达到避孕目的。在仅发生无保护性行为后的紧急情况下，按照说明书或医嘱单次服用，药物会在短时间内代谢排出体外，对身体的影响多是暂时性的，部分女性可能会出现轻微的恶心、呕吐、头痛或乳房胀痛，这些症状通常在几天内自行缓解，不会造成长期的器质性损害。然而，这种药物并非日常避孕手段，其激素含量远高于常规短效避孕药，若将其作为常规避孕方法频繁使用，会严重干扰下丘脑-垂体-卵巢轴的功能，导致体内激素水平剧烈波动，进而引发月经周期混乱、经期延长或缩短、经量异常改变以及不规则阴道出血等情况，长期如此还可能增加患乳腺疾病的风险，并可能因反复干扰生理周期而影响未来的生育能力，因此必须严格限制使用频次，一年建议不超过三次，一个月不超过一次。
日常生活中应首选避孕套、短效口服避孕药等安全且副作用小的常规避孕方式，避免将紧急避孕药当作补救常态，若服药后出现剧烈腹痛、持续大量出血或月经推迟超过一周，需立即前往医院妇科就诊排查异位妊娠或其他病变，同时保持规律作息与均衡饮食以辅助身体机能恢复。
