电子乙状结肠镜检查通常不会产生剧烈疼痛，但可能引起轻度不适或腹胀感。检查过程中的感受因人而异，主要与个体耐受性、肠道准备情况、操作者技术等因素相关。
多数受检者仅会感到下腹部轻微胀痛或压迫感，类似排便前的肠蠕动不适。检查前使用的润滑剂和局部麻醉药物可减轻肛门不适，肠腔充气扩张时可能出现短暂痉挛性疼痛，但会随气体排出缓解。配合医生指令调整呼吸和体位能有效分散注意力，降低不适感。心理紧张可能放大痛觉敏感度，检查前充分了解流程有助于放松。
少数敏感体质或肠道粘连患者可能出现较明显的牵拉痛，既往有盆腔手术史、肠易激综合征或肛周疾病者痛感可能加重。检查中若出现持续剧烈疼痛需立即告知可能提示肠壁损伤等并发症。儿童、高龄或痛阈较低人群可选择无痛检查方案，通过静脉麻醉消除不适。
检查后适当走动促进排气，当日避免辛辣饮食及剧烈运动。出现持续腹痛、便血或发热需及时就医。规范的肠道准备和放松的心态能显著提升检查舒适度，医生会根据个体情况调整操作手法以最大限度减少不适。
