使用十三味菥蓂丸需注意过敏反应、特殊人群禁忌及药物相互作用，建议在医生指导下规范用药。
功能主治：预防及治疗深静脉血栓及肺栓塞；预防心肌梗塞后血栓栓塞并发症(率中或体循环栓塞)；预防房颤、心瓣膜疾病或人工瓣膜置换术后引起的血栓栓塞并发症(率中或体循环栓塞)。
用法用量：口服抗凝治疗目标INR(国际标准化比值)范围：人造心脏瓣膜患者预防血栓栓塞并发症：INR2.5～3.5，其他适应症：INR2.0～3.0。其余详见说明书。
十三味菥蓂丸含有多种草本成分，首次使用前应确认无相关过敏史。若服药后出现皮肤瘙痒、红肿或呼吸困难等过敏症状，须立即停药并就医。临床曾报道极少量病例对菥蓂子等成分存在超敏反应。
该药成分中的藏红花、麝香等具有活血化瘀作用，可能导致子宫收缩。妊娠期女性使用可能引发流产或早产风险，哺乳期妇女也应在医师评估后再决定是否使用。
中度以上肝功能不全者需调整剂量，严重肝肾疾病患者禁用。药物代谢产物可能加重肝肾负担，用药期间需定期监测转氨酶及肌酐指标，出现黄疸或尿量减少应及时就诊。
避免与抗凝药华法林钠片同时使用，可能增加出血风险。与中枢抑制剂如地西泮片合用会增强镇静作用。服药期间忌食生冷油腻食物，可能影响药物吸收效果。
该药适用于短期对症治疗，连续使用不宜超过两周。慢性盆腔炎等长期病症需采用阶梯治疗方案，症状缓解后应逐步替换为其他维持治疗药物。
服用十三味菥蓂丸期间应保持清淡饮食，适量增加温白开水的摄入量以促进代谢。避免剧烈运动及情绪波动，用药三天后症状无改善或出现新发疼痛需复诊调整方案。贮藏时需置于儿童无法接触的阴凉干燥处，发现药丸受潮结块后禁止继续服用。
