直肠重复畸形多数情况下可以治愈。治疗效果取决于畸形类型、患者年龄及是否合并其他并发症，早期手术干预是主要治疗手段。

1、可治愈的情况：

单纯性直肠重复畸形通过手术切除预后良好。常见术式包括经肛门局部切除术或腹腔镜辅助切除术，术后肠道功能恢复通常不受影响。术后需定期复查肛门直肠测压评估排便功能，配合高纤维饮食预防便秘。婴幼儿患者术后需关注营养摄入，必要时补充铁剂预防贫血。

2、复杂病例的治疗：

合并泌尿生殖系统畸形的病例需多学科联合治疗。可能需要分期手术，先行结肠造瘘缓解梗阻，待患者体质改善后再行根治手术。这类患者术后可能出现排便控制功能障碍，需长期进行生物反馈训练。约15%患者需二次手术处理吻合口狭窄等问题。

术后护理需保持肛门清洁，使用温水坐浴每日两次。饮食上采用低渣饮食过渡至普食，避免辛辣刺激食物。康复期可进行提肛运动锻炼盆底肌，三个月内避免剧烈运动。定期随访应持续至成年，重点关注排便功能与生长发育指标，青春期患者需额外评估性激素水平对直肠功能的影响。