氨苄西林胶囊与阿莫西林胶囊的选择需根据感染类型、细菌敏感性及患者个体差异综合判断，两者在抗菌谱、生物利用度、不良反应等方面存在差异。

氨苄西林对肠球菌和单核细胞增多性李斯特菌的活性更强，适用于胆道感染和脑膜炎；阿莫西林对流感嗜血杆菌、幽门螺杆菌的覆盖更优，常用于呼吸道和消化道感染。两者均对链球菌、敏感葡萄球菌有效。

阿莫西林口服生物利用度达90%，受食物影响小；氨苄西林生物利用度约50%，需空腹服用。阿莫西林血药浓度更高，组织穿透性更好，尤其适合中耳炎、鼻窦炎等深部感染。

阿莫西林与β-内酰胺酶抑制剂如克拉维酸的复方制剂更常见，可降低产酶菌耐药风险。氨苄西林单用易被β-内酰胺酶水解，在耐药菌高发区域需谨慎选择。

两者均可引起皮疹、腹泻等反应，但氨苄西林更易诱发抗生素相关性结肠炎。阿莫西林在儿童中耐受性更佳，氨苄西林可能增加假膜性肠炎风险，老年患者需特别注意。

妊娠期首选阿莫西林，其安全性数据更充分；肾功能不全者需调整氨苄西林剂量。对青霉素过敏者禁用两者，交叉过敏率高达10%。

用药期间建议增加酸奶等含益生菌食物摄入，避免与抑菌抗生素同服。治疗呼吸道感染时配合深呼吸锻炼，消化道感染后需逐步恢复高纤维饮食。出现持续腹泻或皮疹需立即就医，长期使用需监测肝肾功能及血常规。