抗生素在治疗细菌感染的同时，也可能对身体产生一些危害，主要包括诱发肠道菌群失调、导致肝肾功能损伤、引起过敏反应、产生耐药性以及引发二重感染等。
抗生素在杀灭致病菌的同时，也会抑制或杀灭肠道内的有益菌群，导致肠道微生态平衡被破坏。这通常表现为腹泻、腹胀、消化不良等症状。长期或滥用广谱抗生素更容易引发这种情况。治疗上，可在医生指导下使用益生菌制剂，如双歧杆菌三联活菌散、地衣芽孢杆菌活菌胶囊或枯草杆菌二联活菌颗粒等，帮助恢复肠道菌群平衡。
部分抗生素需要通过肝脏代谢或肾脏排泄，长期、大剂量使用可能增加肝肾负担，导致功能损伤。例如，某些药物可能引起转氨酶升高或血肌酐水平异常。这种情况在使用如大环内酯类、磺胺类或部分头孢菌素类药物时可能出现。一旦出现相关指标异常或不适，应立即停药并就医，医生可能会根据情况使用保肝或护肾药物进行对症支持治疗。
抗生素作为外源性物质，可能引发机体的免疫应答，导致过敏反应。轻者可能表现为皮疹、皮肤瘙痒，重者可出现呼吸困难、喉头水肿甚至过敏性休克，危及生命。青霉素类、头孢菌素类药物是常见的易致敏药物。一旦发生过敏，应立即停药。对于严重过敏反应，需紧急就医，医生可能会使用肾上腺素注射液、盐酸苯海拉明注射液或注射用甲泼尼龙琥珀酸钠等进行抢救和治疗。
不规范使用抗生素，如剂量不足、疗程不够或随意使用，会导致细菌为了生存而发生基因突变，产生对抗生素的抵抗能力，即耐药性。这使得同一种抗生素在未来的治疗中效果下降甚至无效，导致感染难以控制，治疗选择变少，增加治疗难度和医疗成本。应对耐药性的关键在于严格遵医嘱足量、足疗程用药，绝不自行购买或随意停用抗生素。
长期使用广谱抗生素，在抑制敏感菌的同时，可能导致体内原本受抑制的菌群（如真菌）或外来的耐药菌过度生长，引发新的感染，称为二重感染。常见的有口腔或肠道念珠菌感染，表现为鹅口疮、腹泻等。治疗需在医生指导下，停用或调整原有抗生素，并针对新的病原体使用抗真菌药物，如氟康唑胶囊、制霉菌素片或伊曲康唑胶囊等进行治疗。
为减少抗生素带来的危害，关键在于严格遵循医嘱使用，不自行购买或更改用药方案。用药期间应注意观察身体反应，多饮水以促进药物代谢，饮食宜清淡易消化，避免加重胃肠负担。若出现严重腹泻、皮疹或异常乏力等症状，应及时咨询医生或药师。平时应通过均衡营养、适度锻炼来增强自身免疫力，减少感染发生，从而降低对抗生素的依赖。
