柴胡舒肝丸需避免与中枢抑制剂、抗凝药物、含相同成分的中成药、强效肝药酶诱导剂及部分降压药合用。
苯二氮卓类如地西泮、巴比妥类药物可能增强柴胡舒肝丸中柴胡的镇静作用，导致过度嗜睡或呼吸抑制。酒精饮料也应避免同时摄入。
华法林、阿司匹林等与方中川芎、香附联用可能延长凝血时间，增加出血风险。服用期间需监测凝血酶原时间。
逍遥丸、加味逍遥丸等含柴胡制剂联用易导致成分超量，引发头晕、恶心等肝气疏泄过度症状。
利福平、卡马西平可能加速柴胡成分代谢，降低药效。需要联用时建议间隔4小时以上服用。
钙拮抗剂如硝苯地平与枳壳协同可能引发低血压，ACEI类药物如卡托普利需警惕血钾异常。
服用期间建议低脂饮食并避免剧烈运动，合并基础疾病者需在医师指导下调整用药方案，出现心悸、皮下瘀斑等异常症状应立即停药就诊。慢性肝病患者需定期监测肝功能，服药期间忌食辛辣刺激食物。
