小阴茎可能由遗传因素、激素水平异常、发育迟缓、下丘脑-垂体病变、染色体异常等原因引起。

部分男性阴茎发育较小与家族遗传有关，父母体型或生殖器特征可能影响后代发育。这类情况通常不伴随其他异常，需通过青春期观察发育进度，必要时检测睾酮水平。

胎儿期雄激素分泌不足可能导致阴茎发育不良，常见于先天性肾上腺皮质增生症或母体接触雌激素类药物。此类患儿可能合并尿道下裂，需检测促黄体生成素、游离睾酮等指标。

青春期启动延迟可使阴茎暂时小于同龄人，多与营养状况、运动量相关。骨龄检测显示落后实际年龄1-2年时，建议加强蛋白质摄入和跳跃类运动促进生长。

颅咽管瘤等占位性病变会抑制促性腺激素释放，导致睾酮合成障碍。这类患者通常伴随嗅觉丧失、头痛等症状，需通过MRI确诊后采用戈那瑞林脉冲治疗。

克氏综合征47，XXY患者因多一条X染色体导致睾丸功能低下，成年后阴茎常不足3cm。此类患者需长期补充十一酸睾酮，可能出现乳腺发育等第二性征异常。

日常需保证锌、维生素D等营养素摄入，避免接触双酚A等环境雌激素。青春期前阴茎长度小于同龄人2.5个标准差时应就诊内分泌科，通过HCG激发试验判断睾丸功能。规律游泳、篮球等纵向运动可促进生长激素分泌，但已闭合的骨骺线无法通过运动改变最终尺寸。