卵巢囊肿的治疗没有一种绝对最好的药，多数生理性囊肿无需用药，定期观察即可；少数病理性囊肿可在医生指导下使用药物辅助治疗。
多数卵巢囊肿属于生理性囊肿，如卵泡囊肿、黄体囊肿，通常直径较小，无明显症状，可随月经周期自行缩小或消失，不需要任何药物治疗。患者只需定期进行妇科超声检查，监测囊肿大小变化，同时注意保持规律作息、避免腹部受凉、适度运动，一般不会对健康造成影响。若囊肿持续存在但无异常，也以观察为主，盲目用药反而可能干扰内分泌平衡。
少数病理性囊肿需要药物干预，例如子宫内膜异位囊肿可使用屈螺酮炔雌醇片、地屈孕酮片等激素类药物抑制异位内膜生长、缩小囊肿；炎症性囊肿如盆腔炎引起的附件囊肿，可使用头孢克肟胶囊、甲硝唑片等抗生素控制感染，消除炎症。中医辨证属气滞血瘀或痰湿凝结者，可在医生指导下使用桂枝茯苓胶囊、红金消结胶囊等中成药辅助调理。但所有药物均需严格遵医嘱，不可自行购买服用，且药物治疗不能替代手术指征，若囊肿持续增大、出现扭转或恶变风险时，仍需考虑手术治疗。
建议卵巢囊肿患者保持情绪稳定，避免熬夜和过度劳累，饮食上减少高糖、高脂及辛辣刺激食物，多吃新鲜蔬菜水果和富含膳食纤维的全谷物，适当补充优质蛋白如鱼肉、豆制品。每3-6个月复查一次超声，记录囊肿变化。若出现下腹突发剧痛、月经紊乱或异常出血，需立即就医，排除囊肿破裂或扭转等急症。
