胎儿室间隔缺损是最常见的先天性心脏病之一，主要由胚胎期心脏发育异常导致。其病因可分为生理性因素和病理性因素两大类。
生理性因素中，母体妊娠早期叶酸缺乏可能干扰胎儿心脏间隔闭合过程。维生素B族摄入不足也与心脏结构发育缺陷相关。妊娠期糖尿病未控制可能通过高血糖环境影响胎儿心脏发育。
病理性因素方面，染色体异常如21-三体综合征常伴随心脏结构缺陷。特定基因突变如NKX2-5基因变异可直接导致室间隔发育障碍，这类患者可能同时合并传导系统异常。TORCH感染弓形虫、风疹病毒等在妊娠早期的感染也可造成心脏发育停滞。
环境致畸因素中，妊娠早期接触电离辐射或某些抗癫痫药物可能增加发病风险。部分病例表现为肺动脉高压等继发改变。多数小型缺损可随生长发育自然闭合，但大型缺损需在婴幼儿期进行外科修补手术。
