紧急避孕药通常不会直接导致不孕不育。紧急避孕药通过高剂量激素干扰排卵或受精过程来达到避孕效果，其影响是暂时的，一般不会对卵巢功能和生育能力造成永久性损伤。如果出现月经紊乱等短期副作用，也多在1-2个周期内恢复。但频繁或不当使用可能干扰正常内分泌，增加月经失调风险，从而间接影响受孕概率。
在正确使用的情况下，紧急避孕药中的左炔诺孕酮或醋酸乌利司他成分，通过抑制或延迟排卵、改变宫颈黏液性状、阻止精子与卵子结合等方式发挥作用。这些激素作用在单次服用后很快被身体代谢清除，不会在体内长期蓄积，因此不会对卵巢储备功能或子宫内膜造成持续性伤害。多数女性在服药后的下一个月经周期即可恢复正常排卵。但紧急避孕药的有效率并非100%，如果服药后仍发生妊娠，药物本身也不会增加胎儿畸形风险。
如果女性在一年内多次服用紧急避孕药，例如超过3次以上，可能会打乱下丘脑-垂体-卵巢轴的正常调节节律，导致月经周期紊乱、经期延长或闭经。这种内分泌失调状态如果持续存在，可能影响卵泡的正常发育和排出，从而暂时降低受孕能力。但这种情况通常是可逆的，在停止使用紧急避孕药并经过几个周期的调整后，多数女性的月经和排卵功能能够自行恢复。极少数情况下，如果服药后出现持续性闭经或严重月经紊乱，建议就医排查是否存在多囊卵巢综合征等潜在内分泌疾病，这些疾病本身才是影响生育的主要原因，而非紧急避孕药直接导致。
建议将紧急避孕药作为常规避孕失败后的补救措施，而不是长期依赖的避孕方法。日常应优先选择短效口服避孕药、避孕套或宫内节育器等高效且副作用更小的常规避孕方式。如果出现月经周期持续不规律、经量异常或备孕超过一年未成功，建议及时到妇科就诊，进行性激素六项、甲状腺功能及妇科超声等检查，以全面评估卵巢功能和生殖系统健康状况。
