肛门和阴道不属于同一条通道，两者是独立的解剖结构。肛门属于消化系统末端，阴道属于生殖系统，二者通过会阴部相邻但功能互不干扰。
从解剖学角度看，肛门是直肠通向体外的末端开口，主要功能为排泄粪便。阴道是连接子宫与外生殖器的肌性管道，具有月经排出、性交及分娩功能。两者之间由会阴体由肌肉和结缔组织构成的楔形结构分隔，正常成人会阴体厚度约3-4厘米。
在胚胎发育过程中，肛门和阴道起源于不同胚层。肛门由后肠发育而来，阴道则起源于苗勒氏管副中肾管。这种差异导致二者神经支配、血管供应和淋巴回流均不相同：肛门由阴部神经支配，阴道则接受盆腔内脏神经支配。
临床需注意两种特殊情况：先天性直肠阴道瘘患者可能出现异常通道，需通过造影检查确诊；严重会阴撕裂伤可能造成后天性通道异常。这两种情况均需外科手术修复。日常若发现肛门与阴道间异常分泌物或气体排出，建议尽早就诊妇科或肛肠科。
