强肾灸通常不建议与非甾体抗炎药、抗凝药物、免疫抑制剂、激素类药物及部分中药同时使用。强肾灸通过温热刺激调节肾经气血，若与上述药物联用可能影响药效或增加不良反应风险。
强肾灸作为外治法，其温热效应可能加速局部血液循环。与非甾体抗炎药联用时，可能加重胃肠道刺激症状；与华法林等抗凝药物并用时，可能增加皮下出血概率；免疫抑制剂如环孢素与灸法同用可能干扰药物代谢；糖皮质激素长期使用者若施灸，可能影响内分泌调节功能；部分温补类中药如附子、肉桂与强肾灸叠加可能引发燥热反应。
特殊情况下，强肾灸可与部分药物间隔使用。对于慢性肾虚患者，在医生监测下可间隔4小时以上使用补肾类药物；骨质疏松患者需避免灸法与双膦酸盐类药物同日使用；糖尿病患者施灸期间应调整降糖药剂量。心脑血管疾病急性发作期、皮肤破损感染期及妊娠期应暂停强肾灸。
使用强肾灸前后2小时内应避免服用任何药物，施灸后建议饮用温水促进代谢。日常应注意保暖避免受凉，饮食宜清淡温补，可适量食用黑豆、核桃等食材。若需长期配合药物治疗，应定期复查肝肾功能，出现皮肤灼痛、头晕等不适立即停灸并就医。
