灰指甲的治疗效果需根据感染程度和患者个体差异选择外用或口服药物。轻度感染通常推荐外用抗真菌药物如环吡酮胺、阿莫罗芬；中重度感染或外用无效时需联合口服特比萘芬、伊曲康唑等系统用药。
外用药物直接作用于患处，安全性较高但渗透力有限。环吡酮胺通过破坏真菌细胞膜起效，适用于甲板感染面积小于50%的情况；阿莫罗芬则能干扰真菌固醇合成，每周使用1-2次即可维持有效浓度。两者均需持续使用6-12个月，需配合锉薄病甲以增强药液渗透。
口服药物通过血液循环到达感染部位，对顽固性感染更有效。特比萘芬对皮肤癣菌的治愈率可达70-80%，需每日服用持续12周；伊曲康唑采用脉冲疗法，每月服药1周间歇3周，总疗程3-4个月。肝功能异常者需慎用，用药期间需定期监测转氨酶水平。
特殊情况下需采用联合治疗方案。甲板严重增厚者可先进行病甲清除术，再配合外用药物；免疫缺陷患者可能需要延长口服药物疗程。治疗期间需保持足部干燥，避免交叉感染，家庭成员应同步检查预防复发。
疗效评估应以真菌学检查和临床症状改善为准，完全治愈需待健康新甲完全长出。复发常见于治疗不彻底或重复感染，建议治愈后继续局部用药1-2个月巩固效果。糖尿病患者及外周循环障碍者应尽早就医，避免继发细菌感染。
