胃肠间质瘤切除后通常需要根据术后病理结果决定是否服药，高危患者需长期服用靶向药物预防复发。
胃肠间质瘤术后用药主要取决于肿瘤危险度分级。低危患者术后可能无须药物干预，定期随访即可。中高危患者需接受伊马替尼等酪氨酸激酶抑制剂治疗，这类药物能有效抑制肿瘤细胞增殖。用药期间需监测肝功能、血常规等指标，部分患者可能出现水肿、皮疹等不良反应。对于基因检测显示特定突变的患者，可能需要调整靶向药物种类以提高疗效。
极少数情况下，若肿瘤体积较小且完整切除，病理显示极低危特征，可考虑不进行辅助治疗。但这类情况需严格满足肿瘤直径、核分裂象等多项指标，且术后需加强影像学复查频率。部分特殊体质患者对靶向药物耐受性较差，需在医生指导下调整剂量或更换方案。
术后患者应保持低脂高蛋白饮食，适量补充维生素D和钙质，避免辛辣刺激性食物。建议每周进行适度有氧运动，如散步或游泳，避免剧烈运动导致腹压增高。定期复查腹部增强CT或磁共振，监测肿瘤标志物水平，出现腹痛、黑便等症状需及时就医。长期服药者需避免同时服用圣约翰草等影响药物代谢的草本制剂，用药期间严格避孕。
