避孕药的危害通常较小，多数副作用可逆且可控。避孕药可能引起恶心、乳房胀痛、月经不规律等轻微反应，极少数情况下可能增加血栓风险。
短效避孕药常见副作用包括胃肠不适、情绪波动和点滴出血，这些症状通常在用药2-3个月后自行缓解。含雌激素成分的避孕药可能使部分使用者出现水钠潴留，表现为体重轻微增加或下肢水肿，调整药物剂量或更换孕激素类型后多可改善。新型避孕药已将雌激素含量降低至安全范围，对肝功能的影响较早期产品显著减少。
长期使用避孕药需关注血栓形成概率升高问题，特别是吸烟、肥胖或具有血栓家族史的人群。联合激素类避孕药可能使静脉血栓栓塞发生率略有上升，但绝对风险仍低于妊娠期血栓发生率。避孕药与乳腺癌的关联性尚无明确结论，现有研究显示风险增幅较小且停药后逐渐消失。正确使用避孕药不会导致不孕，生育能力在停药后1-3个月即可恢复。
使用避孕药期间应定期监测血压和肝功能，避免同时使用利福平等肝酶诱导剂。出现持续头痛、视物模糊或胸痛等症状需立即就医。建议选择最低有效剂量的避孕药，并每年进行用药评估，必要时可交替使用屏障避孕法减少激素累积影响。
