睡觉起来头晕、眼睛疼可能是睡眠不足、营养不良、低血糖、低血压、贫血等因素引起的，可以在医生的指导下通过日常调理、药物治疗的方式治疗。具体分析如下：

1.睡眠不足：长期睡眠不足或不规律的睡眠可能导致睡眠质量下降，从而导致起床时有头晕、眼睛疼、乏力等症状。建议及时调整自身作息，做到早睡早起，有助于缓解身体不适。

生脉饮

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功能主治：益气，养阴生津。用于气阴两亏，心悸气短，自汗。

用法用量：口服。一次1支，一日3次。

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2.营养不良：如果存在挑食、偏食等行为，容易导致身体缺乏营养物质，如维生素B12、叶酸、铁等，从而使身体能量供应不足，进而引起头晕、乏力、局部疼痛等症状。此时需及时调整饮食结构，做到营养均衡。

3.低血糖：该疾病与代谢异常、饮食不当等因素有关，容易使体内血糖水平下降，引发低血糖，从而出现头晕、虚弱、眼花、眼睛疼等症状。患者可以遵医嘱使用葡萄糖氯化钠注射液、氢化可的松片等药物进行治疗。

4.低血压：低血压是指血液循环中的血压过低，通常与遗传、免疫异常等因素有关，也可能出现上述情况。患者可以遵医嘱使用盐酸米多君片、生脉饮等药物进行治疗。

5.贫血：贫血一般与血红蛋白水平下降有关，会导致氧气供应不足，引起脑部和眼睛的不适，如乏力、头晕、恶心等。患者需遵医嘱使用硫酸亚铁缓释片、富马酸亚铁片等药物缓解不适。

建议及时前往医院进行检查，明确病因后进行针对性治疗。