巧克力囊肿通常指卵巢子宫内膜异位症，不孕是指不孕症。该疾病患者做手术后是否会引起不孕症，需要具体分析。如果病情比较轻微，一般不会引起不孕症，但如果病情比较严重，则可能会引起不孕症。

1.不会：如果是轻度的卵巢子宫内膜异位症，患者术后应注意保养，定期复查，避免炎症感染输卵管，从而影响卵巢功能。如果注意日常护理，一般不会诱发不孕症。且手术后盆腔的环境比较利于受精卵着床，因此建议患者恢复后尽快考虑妊娠，可提高妊娠的几率。

2.会：如果是重度的卵巢子宫内膜异位症，多数患者会合并盆腔粘连，而盆腔粘连可能会导致输卵管扭曲、狭窄等，从而引起输卵管梗阻，容易导致不孕症。此外，卵巢子宫内膜异位症手术可能会损伤部分卵巢的皮质，而卵巢皮质含有大量卵泡，术后卵巢的功能会下降，可能会影响排卵的质量，从而诱发不孕症。

如果术后出现上述不适，建议及时就医，以免对患者造成不良影响。