鳃裂瘘管多数情况下需要手术治疗。鳃裂瘘管是胚胎发育异常导致的颈部先天性畸形，主要表现为颈部反复感染、瘘口分泌物渗出或形成脓肿。
手术是根治鳃裂瘘管的主要方式。第一鳃裂瘘管需行浅表腮腺切除术，第二至第四鳃裂瘘管需完整切除瘘管及周围受累组织。对于反复感染的病例，需在感染控制后2-3周实施手术，避免炎症导致解剖结构不清。儿童患者建议3岁后手术，降低麻醉风险。
非手术方式仅适用于临时控制感染。急性感染期可使用头孢类抗生素控制炎症，形成脓肿需切开引流。但保守治疗无法消除瘘管，约80%病例会复发感染。合并甲状腺炎或血管异常的复杂病例，需联合耳鼻喉科、内分泌科多学科会诊。
术后需关注伤口愈合情况。术后1周可能出现局部肿胀，2-3周缝线可吸收。复发多因瘘管切除不彻底，表现为原部位再次出现分泌物，需通过造影检查确认后二次手术。
