月经期服用紧急避孕药可能干扰正常月经周期或加重经期不适，但一般不会显著降低避孕效果。紧急避孕药的主要成分是左炔诺孕酮或米非司酮，其作用机制包括抑制排卵、干扰受精卵着床等。月经期使用可能引起经期延长、经量异常或非经期出血，少数人可能出现恶心、头痛等药物不良反应。
月经期子宫内膜处于脱落阶段，此时服用紧急避孕药可能使子宫内膜修复过程受到影响。药物中的高效孕激素会改变体内激素水平，可能导致撤退性出血时间与正常月经重叠，造成经期紊乱。部分女性会出现经血颜色变深、血块增多等现象，这些变化通常1-2个月经周期后可自行恢复。若月经期正处于排卵期前后，药物仍能发挥避孕作用，但需注意紧急避孕药对已经发生的受精无阻断效果。
存在子宫肌瘤、子宫内膜异位症等妇科疾病的女性，月经期服用可能加重痛经或异常出血。药物代谢会经过肝脏，肝功能异常者需谨慎使用。哺乳期女性服用后应暂停哺乳3天。紧急避孕药不能作为常规避孕方式，1年内使用不宜超过3次，多次使用可能导致内分泌失调甚至继发不孕。
若服药后出现持续腹痛、大量出血或月经延迟超过7天，需排除宫外孕可能。建议记录服药时间及月经变化情况，后续可选用短效避孕药等更安全的避孕方式。经期应注意保暖休息，避免剧烈运动，可适量补充含铁食物如动物肝脏、菠菜等预防贫血。所有避孕方式均存在失败概率，必要时建议完善妊娠检测。
