婴儿两个黑眼珠位置不一样，可能与内眦赘皮、小角膜、斜视等因素有关，一般可结合原因采取改善措施。

1.内眦赘皮：婴儿皮肤比较薄，可能因为鼻梁发育不全，出现内眦赘皮，当内眦赘皮遮住内眼角时，可能造成黑眼珠位置不对称的情况，属于正常现象，一般不需要治疗，在平时帮助婴儿做好眼部分泌物清洁即可。

2.小角膜：小角膜与遗传有关，如果发生在单眼，可能导致婴儿左右两侧的黑眼珠位置不同。小角膜一般不会引起身体不适，但是家长需对婴儿的眼睛保持观察。

3.斜视：斜视属于视觉障碍，可能由遗传、先天发育不良等因素诱发，通常表现出眼球转动受限、畏光等症状，也可能引起上述情况，家长通常可在医生指导下让婴儿接受斜视智能矫正术、小儿斜视手术等手术。

除以上相对常见原因外，还有其他的可能性疾病，比如弱视、视野缺失、婴幼儿型青光眼等。如果婴儿身体出现不适，家长应及时带婴儿前往医院就诊。