六君子丸对脾胃虚弱、食少便溏等症状有一定改善效果，其主要功效包括补脾益气、燥湿化痰。六君子丸的疗效因人而异，与患者体质、病情严重程度及用药规范性密切相关。
六君子丸中党参、白术等成分能增强脾胃运化功能，改善食欲不振、倦怠乏力等症状。适用于长期饮食不规律或思虑过度导致的脾虚气弱，常见于慢性胃肠功能紊乱患者。用药期间需避免生冷油腻食物，以免影响药效吸收。
茯苓、半夏等药材具有利水渗湿作用，对痰湿内阻引起的脘腹胀满、舌苔厚腻有效。部分慢性支气管炎患者伴随脾虚痰湿证时，可在医生指导下配合使用。需注意阴虚燥咳或痰中带血者不宜单独使用该药。
该方能缓解功能性消化不良引起的早饱、嗳气等症状，其甘草、陈皮成分可协调胃肠蠕动。对于术后胃肠功能恢复或化疗后消化道反应有一定辅助作用，但肠梗阻等器质性疾病患者须禁用。
长期脾虚可能导致营养吸收障碍，六君子丸通过增强脾胃功能间接改善贫血或轻度低蛋白血症。更年期女性或术后体虚者出现代谢紊乱时，配合饮食调理效果更佳，但糖尿病等代谢性疾病患者需监测血糖变化。
在慢性胃炎、肠易激综合征等疾病治疗中，六君子丸可作为辅助用药减轻西药副作用。与质子泵抑制剂联用时需间隔两小时服用，避免相互作用。自身免疫性胃肠病患者使用前需中医辨证。
服用六君子丸期间应保持规律饮食，适量食用山药、红枣等健脾食材，避免过度劳累。若服药两周症状无改善或出现腹痛加重、皮疹等反应，应立即停用并就诊。孕妇及过敏体质者须在医师指导下使用，不可自行调整剂量或长期服用。合并高血压、心脏病等慢性病患者用药前需评估药物相互作用风险。
