全飞秒激光近视手术存在术后短期不适症状，但严重后遗症发生率低于1%。常见反应包括干眼症、眩光、夜间视力下降等，多数在3-6个月内自行缓解。
角膜层间碎屑残留是较常见的术中并发症，发生率约2%-3%，表现为术后早期视力恢复延迟。通过术中冲洗和术后抗炎滴眼液可有效控制。角膜基质层切削不均匀可能导致高阶像差，影响视觉质量，需通过波前像差引导的二次增效手术矫正。
术后干眼症状发生率约30%-50%，与术中角膜神经切断相关。人工泪液替代治疗配合热敷可改善症状，角膜神经通常需6-12个月完成再生。夜间驾驶时出现的眩光症状多与瞳孔直径大于光学区有关，术前精确测量暗视下瞳孔直径可降低风险。
极少数情况下可能出现角膜扩张发生率0.04%-0.2%，多见于角膜基质保留厚度不足250微米者。术前严格筛查圆锥角膜倾向、术中保留足够角膜基质层是预防关键。术后出现持续视力下降、角膜变薄等情况需立即进行角膜交联治疗。
该手术总体并发症风险低于传统LASIK手术，严格把握手术适应证可进一步降低风险。建议术后1周、1个月、3个月、6个月定期复查角膜地形图与眼压测量。
