直肠损伤可能引发多种并发症，主要包括感染、出血、肛门功能障碍和全身性炎症反应。这些并发症的发生与损伤程度、治疗时机及基础健康状况密切相关。
感染是最常见的并发症，直肠损伤后粪便污染腹腔或盆腔，可能引发腹膜炎、盆腔脓肿。损伤后24小时内未得到有效清创和抗生素治疗者感染风险显著增加，表现为发热、局部压痛和白细胞升高。轻度感染可通过头孢曲松联合甲硝唑控制，严重者需手术引流。
出血分为早期和迟发性两类。早期出血多因直肠血管直接损伤，表现为便血或腹腔内出血，严重时可导致休克。迟发性出血常与感染侵蚀血管有关，内镜下止血是首选方法，无效时需血管介入或手术结扎。出血量超过800毫升需输血治疗。
肛门功能障碍包括失禁和狭窄。括约肌损伤可能导致气体或液体粪便失控，损伤后3个月功能未恢复需考虑括约肌成形术。直肠狭窄多因瘢痕愈合，表现为排便困难，轻度者可行扩张治疗，重度需直肠成形术。
全身性炎症反应是严重并发症，损伤后大量炎性介质释放可能引发脓毒症或多器官功能障碍。监测指标包括降钙素原和乳酸水平，治疗需液体复苏、血管活性药物及器官支持。合并两种以上器官衰竭时死亡率超过40%。
特殊情况下可能发生直肠膀胱瘘或直肠阴道瘘，表现为粪尿或阴道排气排粪。确诊需造影检查，多数需手术修补。糖尿病患者和接受放疗者瘘管发生率升高3-5倍。术后需保持引流4-6周促进愈合。
