摩罗丹不宜与抗酸药、抗生素、抗胆碱药、含金属离子药物及部分心血管药物合用。摩罗丹由多种中药成分组成，可能通过影响胃酸分泌、药物代谢或金属离子螯合等机制干扰其他药物疗效，或增加不良反应风险。
摩罗丹与抗酸药合用时，可能中和胃酸而降低摩罗丹促进胃黏膜修复的作用。部分抗酸药含铝、镁等金属离子，可能与其所含鞣质类成分结合形成沉淀。常见抗酸药包括铝碳酸镁、氢氧化铝等，合用时应间隔两小时以上服用。
摩罗丹与四环素类、喹诺酮类抗生素联用，其中鞣质成分可能螯合抗生素分子，降低肠道吸收率。克拉霉素等大环内酯类抗生素通过肝药酶代谢，可能与其成分发生相互作用。患者需告知医生用药史，必要时调整给药方案。
抗胆碱药如阿托品、山莨菪碱可能拮抗摩罗丹促进胃肠蠕动的作用，延缓胃排空时间。合用于功能性消化不良患者时，可能减弱摩罗丹改善腹胀的效果。建议在医生指导下错开用药时间，或选择其他促胃肠动力药物替代。
含铁剂、钙剂等金属离子药物与摩罗丹同服，可能形成不溶性复合物影响吸收。缺铁性贫血患者服用琥珀酸亚铁时，应间隔三小时以上使用。部分心血管药物如地高辛与其中甘草成分联用，可能增加心律失常风险，需密切观察心电图变化。
使用摩罗丹期间应避免饮酒及辛辣刺激性食物，规律饮食有助于发挥药效。服药前需向医生提供完整用药清单，包括中成药、保健品等，防止潜在相互作用。出现心悸、皮疹等不适时及时停药就医，长期用药者需定期复查肝肾功能。孕妇、哺乳期妇女及儿童等特殊人群应在医师指导下谨慎使用。
