商陆使用时需注意其毒性，未经专业处理不可食用，孕妇禁用，避免接触眼睛黏膜，严格控制剂量。
商陆全株有毒，根部毒性最强，误食可能导致口腔灼烧感、呕吐、腹泻等中毒症状，严重时可引发呼吸麻痹。新鲜商陆汁液接触皮肤可能引起红肿瘙痒，处理时应佩戴手套。药用时须经炮制减毒，常用方法为醋炙或姜汁炙，且必须遵医嘱使用。商陆不宜与甘草同用，可能增强毒性反应。部分人群可能出现头晕、心悸等过敏反应，初次使用应小剂量测试。
使用商陆期间应避免辛辣刺激性食物，保持饮食清淡。若需长期服用，建议定期监测肝肾功能。出现中毒症状需立即就医，携带剩余药材以便鉴定。妥善存放于儿童无法接触处，干燥通风环境保存。传统外用敷贴时，单次使用不超过30分钟，皮肤破损处禁用。
