藿香正气丸主要用于治疗外感风寒、内伤湿滞或暑湿感冒引起的胃肠不适症状，主要对胃肠型感冒、急性胃肠炎、暑湿感冒等疾病具有缓解作用。
胃肠型感冒多由病毒感染引起，伴有发热、恶心、呕吐、腹泻等症状。藿香正气丸中的广藿香、紫苏叶等成分具有解表化湿功效，可缓解因风寒湿邪阻滞中焦导致的脘腹胀痛。对伴有低热、舌苔白腻的患者，常配合午时茶颗粒联合使用。孕妇及阴虚火旺者慎用。
因饮食不洁或寒湿侵袭引起的非感染性胃肠炎，表现腹泻如水样便、肠鸣亢进时，该药可通过苍术、厚朴等成分燥湿健脾。与蒙脱石散联用时可间隔2小时服用。严重脱水患者需及时补液治疗。
夏季暑湿夹杂所致头晕胸闷、恶心厌食时，方中白芷、茯苓等能和中解暑。高热患者需配合布洛芬混悬液退热。服药期间忌食生冷油腻，避免加重湿邪困脾。
异地旅行因气候环境变化引发的腹胀腹泻，该药能调节胃肠功能紊乱。症状持续超过3天或出现血便时，应考虑细菌性痢疾等疾病可能，需进行粪便常规检查。
乘车船时出现的眩晕呕吐，半夏、陈皮等成分可化痰止呕。建议出行前30分钟服用，严重者需配合茶苯海明片预防。青光眼患者禁用。
服用藿香正气丸期间应禁食辛辣刺激食物，注意腹部保暖。出现皮疹、心悸等过敏反应时立即停药。慢性腹泻患者需排查肠易激综合征等病因，不建议长期连续使用超7天。服药3天后症状无缓解或出现高热、脓血便等严重表现时，应及时就医进行血常规、粪便培养等检查。
