手足口病多数患者预后良好，后遗症发生率较低，但重症病例可能出现神经系统或心血管系统损害。常见后遗症主要有神经系统异常、心肌损伤、皮肤遗留问题三类。
神经系统异常多见于重症手足口病合并脑炎或脑脊髓炎患者，表现为肢体无力、吞咽困难等运动障碍，可能与病毒直接侵犯中枢神经系统有关。部分患儿可能出现认知功能减退或癫痫发作，需长期康复训练及神经专科随访。
心肌损伤主要由肠道病毒71型感染引发暴发性心肌炎所致，表现为心律失常、心功能下降。重症患儿急性期过后需定期复查心电图和心脏超声，少数遗留持续性心肌损害者需限制剧烈运动。
皮肤遗留问题包括指甲脱落和色素沉着。指甲脱落通常发生在发病后2-4周，与病毒感染影响甲床生长有关，新生指甲3-6个月可完全恢复。手足部位皮疹消退后可能遗留暂时性色素斑，多数半年内逐渐淡化。
极少数危重病例可能出现肺水肿相关肺功能下降或脑干脑炎导致的长期呼吸机依赖。建议重症患儿在疾病恢复期进行多学科评估，及时发现并干预后遗症。
