金栀洁龈含漱液应避免与抗菌药物、含阳离子成分药物、降糖药物、非甾体抗炎药及免疫抑制剂等合用，可能影响药效或增加不良反应风险。

金栀洁龈含漱液中的黄芩苷等成分可能干扰抗生素活性，与青霉素类如阿莫西林、大环内酯类如阿奇霉素或喹诺酮类如左氧氟沙星合用时，可能降低抗菌效果。口腔局部使用含漱液后建议间隔2小时再服用抗菌药物。

含漱液中的鞣质成分会与铝、镁、铁等金属离子结合形成沉淀，影响含铝抗酸剂如氢氧化铝、补铁制剂如琥珀酸亚铁或镁剂如硫酸镁的吸收。需错开给药时间至少3小时。

部分中成药可能增强胰岛素或磺脲类降糖药如格列本脲、二甲双胍作用，合用时需密切监测血糖。含漱液虽为局部用药，但吞咽残留可能导致潜在相互作用。

与布洛芬、对乙酰氨基酚等解热镇痛药联用可能增加胃肠道刺激风险。含漱液中的挥发油成分可能加重黏膜损伤，长期使用者需关注消化道症状。

含漱液中的栀子苷可能影响环孢素、他克莫司等药物代谢酶活性，导致血药浓度波动。器官移植或自身免疫病患者使用前应咨询医师。

使用金栀洁龈含漱液期间需避免饮酒及辛辣饮食，用药后30分钟内勿进食以保持药效。每日含漱不超过3次，连续使用不宜超过2周。出现口腔黏膜灼痛或皮疹时应立即停用，糖尿病患者慎用含糖辅料版本。建议用药前详细阅读说明书药物相互作用项，合并多种慢性病用药者需经专业医师评估。