紫药水之所以有强烈的杀菌作用，其秘诀在于所用的原料龙胆紫属于阳离子碱性染料，能与带阴电荷的病菌相结合，还能抑制病菌与细胞壁上的肽键合成。这种双重作用，可将病菌置于死地。然而，近年来英国药理学家通过对动物的一项毒性试验得出一个难以置信得结果，紫药水是一种潜在的致癌剂。使用不当会引起许多副作用，特别对幼儿更具有"毒性"。
紫药水的毒副作用对婴幼儿来说，主要表现为全身反应和局部反应，全身反应包括烦躁不安、拒乳、易哭闹、夜寐不宁等，重者可出现呼吸困难，局部反应可见涂药周围皮肤出现潮红、疮疹、瘙痒等。
究其原因，主要是由于外用的紫药水浓度过高，对皮肤黏膜的刺激较强;或用量过大，如涂抹面积过大、涂抹次数过多等，另可能是个别患者对紫药水产生过敏反应。因此，专家们指出，使用紫药水浓度不宜过高，只限于0.5%--1%,每天上药1--3次,涂抹在局限的病灶周围,保持时间应限制在3天之内,曾有过敏反应者不能再用.患儿一旦发生上述所说病毒,应及时停止用药,并对症处理,一般3-5天症状即可消失。
