小肠间质瘤能否治愈取决于肿瘤分期和分子特征，早期完整手术切除的患者可能达到临床治愈，晚期患者需长期靶向治疗控制病情。主要影响因素有肿瘤大小、核分裂象计数、基因突变类型、手术完整性和药物敏感性。
小肠间质瘤的治愈概率与肿瘤生物学行为密切相关。体积较小且核分裂象少的局限性肿瘤，通过根治性手术切除后五年生存率较高，部分患者可达到长期无瘤生存。手术中需保证完整切除肿瘤并保留足够切缘，必要时联合多脏器切除。术后病理需明确危险度分级，极低危患者通常无须辅助治疗。
中高危患者术后需接受伊马替尼等靶向药物辅助治疗，可显著降低复发风险。对于不可切除或转移性肿瘤，靶向治疗是主要手段，但可能出现继发耐药。基因检测对药物选择具有指导意义，KIT外显子11突变者对伊马替尼反应较好，而PDGFRA D842V突变需选用阿伐替尼。部分患者通过持续药物控制可实现带瘤长期生存。
患者应定期进行增强CT或MRI复查监测病情变化，治疗期间注意药物不良反应管理。保持均衡饮食和适度运动有助于维持机体状态，避免食用可能影响药物代谢的西柚等食物。建议在专科医生指导下制定个体化治疗方案，并加入患者互助组织获取心理支持。
