碘甘油不能与含汞药物、硫代硫酸钠、强氧化剂、生物碱类药物以及部分金属盐类药物合用。碘甘油的主要成分为碘和甘油，具有消毒防腐作用，但与其他药物合用时可能产生化学反应或降低药效。
碘甘油与红汞等含汞药物合用会生成碘化汞，可能刺激皮肤或黏膜，导致局部组织损伤。含汞药物常用于皮肤消毒，但与碘甘油同时使用可能产生沉淀物，影响伤口愈合。使用含汞制剂后应间隔一段时间再使用碘甘油，避免两种药物直接接触。
硫代硫酸钠作为解毒剂可用于氰化物中毒，但与碘甘油合用会发生氧化还原反应，导致碘失去消毒作用。硫代硫酸钠能还原碘分子为碘离子，降低碘甘油的杀菌效果。需要同时处理伤口和解毒时，应分开使用并保持一定时间间隔。
高锰酸钾等强氧化剂与碘甘油可能发生剧烈反应，产生刺激性气体或导致溶液变色。强氧化剂会加速碘的挥发，影响碘甘油的稳定性。两种药物不宜在同一创面混合使用，必要时可先后使用并彻底冲洗间隔。
阿托品等生物碱类药物与碘甘油合用可能产生沉淀，影响药物吸收。生物碱在碱性环境下易与碘形成不溶性复合物，降低局部用药效果。眼用或黏膜用药时更需注意避免合用，防止产生刺激性物质。
硫酸锌等金属盐与碘甘油中的碘离子结合会形成沉淀，减弱消毒效果。金属离子与碘反应生成的化合物可能堵塞毛囊或刺激组织。治疗皮肤病时若需使用含金属盐药物，应与碘甘油错开使用时间和部位。
使用碘甘油前应仔细阅读说明书，了解药物相互作用信息。口腔溃疡或皮肤破损处涂抹碘甘油时，避免与其他外用药物混用。特殊人群如孕妇、儿童使用前应咨询过敏体质者需警惕碘过敏反应。储存碘甘油需避光密封，防止有效成分分解失效。出现用药部位红肿、灼痛等异常反应时停止使用并及时就医。日常保持创面清洁干燥，配合清淡饮食有助于伤口恢复。
