六君子丸和香砂六君子丸的主要区别在于成分和功效。六君子丸由党参、白术、茯苓、甘草、陈皮、半夏组成，主要用于脾胃虚弱引起的食欲不振、腹胀便溏；香砂六君子丸在六君子丸基础上增加了木香和砂仁，增强了行气止痛、化湿和胃的功效，更适合脾胃虚寒兼气滞导致的脘腹胀痛、嗳气呕吐。
六君子丸的基础配方包含党参、白术、茯苓、甘草、陈皮、半夏六味药材，核心作用是补气健脾、燥湿化痰。香砂六君子丸则额外添加木香和砂仁两味药材，木香能行气调中止痛，砂仁可化湿开胃止呕，两者协同增强了理气化湿的功效。
六君子丸侧重改善脾胃气虚引起的消化不良、大便稀溏等基础症状。香砂六君子丸因含木香和砂仁，对脾胃虚寒合并气滞的症状效果更显著，如胃脘冷痛、腹胀嗳气、恶心呕吐等，尤其适合寒湿气滞型胃肠功能紊乱。
六君子丸适用于慢性胃炎、肠易激综合征的脾胃虚弱证型。香砂六君子丸更常用于功能性消化不良、胃溃疡等伴有明显胀痛、反酸的病症，其温中行气作用能更快缓解急性症状。
两者均禁用于实热证患者，但香砂六君子丸因含辛温药材，阴虚火旺者更需慎用。服药期间均应忌食生冷油腻，香砂六君子丸使用者还需避免辛辣刺激食物以防加重气滞。
六君子丸多用于术后胃肠功能恢复、放化疗后食欲减退。香砂六君子丸在幽门螺杆菌感染辅助治疗、胃食管反流病管理中应用较多，其抑菌抗炎作用较六君子丸更显著。
两种药物均需在中医辨证后使用，不可自行长期服用。脾胃虚弱者日常可配合山药、薏苡仁等食疗，避免过度劳累和情绪紧张。若服药两周症状未缓解，或出现口干便秘等不良反应，应及时停用并就医调整用药方案。
