喝完藿香正气水后腹泻可能是由于生理因素导致的，也不排除是胃炎引起的。建议患者及时前往医院，在医生的指导下进行治疗。
1、生理因素：喝完藿香正气水后胃疼根据每个人的体质不同，可能是因为胃肠道对藿香正气水的成分不耐受，用药后因刺激肠胃肠粘膜而引起的胃疼，同时也考虑是免疫低下引起的，可能会出现服用完藿香正气水后胃疼的症状，患者应尽早就医，在医生的指导下进行治疗。
功能主治：解表化湿，理气和中。用于外感风寒、内伤湿滞或夏伤暑湿所致的感冒，症见头痛昏重、胸膈痞闷、脘腹胀痛、呕吐泄泻；胃肠型感冒见上述证候者。
用法用量：口服。一次5～10毫升，一日2次，用时摇匀。
