碘酊与部分药物合用可能产生毒性反应或降低药效，主要禁忌药物包括红药水汞溴红溶液、硫柳汞、氨水、碱性药物如碳酸氢钠、含重金属盐类药物如硝酸银。
1、红药水：
碘酊与红药水合用会生成剧毒的碘化汞，对皮肤黏膜造成化学性灼伤。汞溴红溶液中的汞离子与碘离子结合后，不仅失去消毒作用，还可能通过创面吸收导致汞中毒，表现为口腔炎、肾功能损害等。两者需间隔48小时以上使用，创面消毒建议选择单一消毒剂。
2、硫柳汞：
硫柳汞作为含汞防腐剂，与碘酊接触后会产生碘化汞沉淀。这种反应在眼科制剂、疫苗等含硫柳汞的药品中需特别注意，可能引发局部组织刺激或全身毒性。疫苗接种前后24小时内应避免使用碘酊消毒皮肤。
3、氨水：
碱性环境会使碘酊中的碘单质转化为无杀菌活性的碘化物。氨水等强碱性物质与碘酊混合后，不仅中和消毒作用，还可能产生刺激性氨气。处理化学灼伤时，酸性伤处禁用氨水冲洗后立即使用碘酊。
4、碱性药物：
碳酸氢钠、氧化镁等口服碱性药物会改变胃肠道pH值，影响碘在消化道的吸收率。需口服碘制剂治疗甲状腺疾病时，应间隔2小时服用碱性药物。外用制剂如炉甘石洗剂也不宜与碘酊同部位使用。
5、重金属盐类：
硝酸银、蛋白银等含重金属药物与碘酊相遇会产生沉淀反应。这种复分解反应不仅使药物失效，沉淀物还可能堵塞毛囊或伤口。眼科使用硝酸银后3天内避免用碘酊消毒眼周皮肤。
使用碘酊前应仔细阅读药品说明书，避免与含汞、硫、重金属成分的药剂接触。消毒创面时建议先用生理盐水冲洗残留药物，待干燥后再涂抹碘酊。儿童、孕妇及甲状腺疾病患者需在医生指导下控制碘暴露量，日常可选用聚维酮碘等更安全的替代消毒剂。储存时保持容器密闭，防止与氨蒸气等挥发性物质发生反应。
