耐药菌感染通常能好，但治疗难度较大且疗程较长。耐药菌感染的治疗效果主要与感染部位、细菌耐药性程度、患者免疫状态等因素有关，需通过药敏试验选择敏感抗生素，并配合综合治疗措施。
耐药菌感染的治疗关键在于准确识别病原体和耐药谱。临床常采用联合用药策略，如碳青霉烯类抗生素联合多黏菌素或替加环素，以覆盖多重耐药菌。对于耐甲氧西林金黄色葡萄球菌感染，可使用万古霉素或利奈唑胺等药物。治疗过程中需密切监测肝肾功能及药物浓度，避免二次感染。部分患者需延长静脉用药周期，必要时进行手术清创或引流。医院感染控制措施如隔离患者、严格手卫生可减少传播风险。
耐药菌感染的治疗周期通常为2-6周，严重者可能需要3个月以上。治疗期间可能出现药物不良反应如腹泻、皮疹或肝肾损伤，需及时调整方案。免疫功能低下者易发生复发感染，可考虑免疫调节治疗。新型抗生素如头孢地尔对部分耐药菌有效，但国内尚未普及。中医辅助治疗如黄连素制剂可能帮助缓解症状，但不能替代抗生素。
患者应严格遵医嘱完成全程治疗，避免自行停药导致耐药性加重。加强营养支持，保证优质蛋白和维生素摄入，维持每日2000毫升饮水。接触公共场所后需规范洗手，家庭成员避免共用毛巾。恢复期定期复查炎症指标和细菌培养，出现发热或伤口渗液需及时复诊。医疗机构应落实抗生素分级管理，减少广谱抗生素滥用。
