HPV疫苗的副作用多数较轻微且短暂。常见不良反应包括注射部位疼痛、红肿、低热等，严重过敏反应发生率极低。
接种后24小时内出现的局部反应属于典型免疫应答。约60%接种者会出现注射部位疼痛，30%可能出现轻微肿胀或瘙痒，这些症状通常2-3天自行消退。全身反应如头痛、疲劳、肌肉酸痛的发生率约20%，体温升高超过38℃的情况约占10%。
疫苗成分中的佐剂可能引发暂时性不适。铝佐剂可能加重局部红肿，聚山梨酯80成分与短暂性头晕有关。这些反应多在接种后6小时内出现，48小时基本缓解。
严重过敏反应需特别关注但极为罕见。每100万剂接种中约出现1-3例过敏性休克，多发生在接种后15分钟内。有聚乙二醇或酵母过敏史者风险相对较高，接种前应详细告知医生过敏史。
特殊人群需注意个体差异。青少年群体发热反应发生率略高于成人，妊娠期女性建议推迟接种。免疫功能低下者可能产生抗体应答不足，但不会增加副作用风险。
疫苗接种后出现持续高热、呼吸困难或严重皮疹应及时就医。虽然严重副作用发生率低于0.1%，但接种点通常要求留观30分钟以应对急性过敏反应。
