克林霉素甲硝唑搽剂不能与大环内酯类抗生素、口服抗凝药、含酒精制剂、神经肌肉阻滞剂、活菌制剂等药物合用。克林霉素甲硝唑搽剂是皮肤科常用复方制剂，主要成分为克林霉素磷酸酯和甲硝唑，联合用药不当可能降低疗效或增加不良反应风险。
克林霉素与红霉素、克拉霉素等大环内酯类抗生素均作用于细菌核糖体50S亚基，合用会产生拮抗作用导致抗菌效果下降。若患者需同时使用系统性抗生素治疗痤疮或其他感染，建议选择不同作用机制的药物如多西环素或米诺环素。
甲硝唑会抑制华法林等香豆素类抗凝药的代谢酶，延长凝血酶原时间增加出血风险。使用抗凝治疗的患者需密切监测INR值，必要时调整抗凝药剂量。皮肤科用药期间出现牙龈出血或皮下瘀斑应及时就医。
甲硝唑与酒精合用可能引发双硫仑样反应，表现为面部潮红、头痛、心悸等症状。应避免在使用搽剂期间口服含酒精饮料或联用酒精擦浴等外用制剂。药物在皮肤残留期间接触酒精也可能增强局部刺激。
克林霉素可能增强琥珀胆碱等去极化肌松药的作用，导致呼吸肌麻痹风险升高。围手术期患者需提前告知医生用药史，麻醉医师会根据情况调整肌松药用量或改用其他类型麻醉方案。
双歧杆菌三联活菌等微生态制剂与克林霉素甲硝唑联用会被抗菌成分灭活。建议间隔2小时以上使用，或优先选择死菌制剂如乳酸菌素片。腹泻患者需注意补充电解质防止菌群紊乱加重。
使用克林霉素甲硝唑搽剂期间应避免日光暴晒防止光敏反应，用药部位出现灼痛或脱屑需停用。痤疮患者可配合低糖饮食和温和洁面，避免用手挤压皮损。药物需避光保存于阴凉处，开封后超过1个月不宜继续使用。妊娠期、哺乳期及肝功能异常者应在医师指导下谨慎用药，儿童使用时需注意避开眼周黏膜。
