奥硝唑与甲硝唑均属于硝基咪唑类抗菌药物，但两者在化学结构、抗菌谱及不良反应等方面存在差异。
奥硝唑是甲硝唑的衍生物，其分子结构中引入的羟乙基侧链使其脂溶性更高，组织穿透性更强。抗菌谱方面，奥硝唑对厌氧菌的覆盖范围更广，尤其对脆弱拟杆菌、产气荚膜梭菌等革兰阴性厌氧菌的活性优于甲硝唑。在寄生虫感染治疗中，奥硝唑对阴道毛滴虫、阿米巴原虫的杀灭作用也更持久。
药代动力学特性上，奥硝唑半衰期约12-14小时，每日仅需给药1-2次；甲硝唑半衰期约6-8小时，需每日给药3次。奥硝唑在脑脊液中的浓度可达血药浓度的90%，更适合中枢神经系统厌氧菌感染。
不良反应方面，甲硝唑常见金属味觉异常、胃肠道反应及双硫仑样反应，神经系统毒性发生率约10%；奥硝唑神经系统不良反应发生率低于2%，且几乎无戒酒硫样反应。但奥硝唑可能导致轻度转氨酶升高，肝功能异常者需慎用。
临床应用时，甲硝唑仍是细菌性阴道病、艰难梭菌感染的一线用药；奥硝唑更多用于腹腔感染、盆腔炎及脑脓肿等严重厌氧菌感染。两者均需避免与华法林等抗凝药联用，妊娠期使用均需评估风险收益比。
