药物流产适用于妊娠49天内的早期妊娠，手术流产适用于妊娠10周内或药流失败者，两者在适用孕周、操作方式及身体恢复上存在明显差异。
药物流产与手术流产的优点均在于能有效终止妊娠，解决意外怀孕带来的困扰。药物流产的优势在于无须进行宫腔器械操作，避免了手术可能带来的子宫穿孔、宫颈损伤等机械性创伤风险，且隐私性较好，患者心理负担相对较轻，过程类似一次月经量较多的自然流产。手术流产的优势在于成功率极高，几乎能一次性完全清除妊娠组织，出血时间通常较短，术后恢复进程相对可控，对于已经发生药物流产失败或不全流产的情况，手术是必要的补救措施，能迅速止血并清理宫腔，防止感染扩散。
药物流产与手术流产的缺点也各不相同。药物流产的主要缺点是存在失败概率，可能出现流产不全，导致阴道出血时间长、出血量大，若胚胎组织残留需再次进行清宫手术，且服药期间常伴有明显的恶心、呕吐、腹痛等胃肠道反应。手术流产的缺点属于有创操作，存在麻醉意外风险，术中可能发生子宫穿孔、人工流产综合征等并发症，术后若护理不当易引发宫腔粘连、输卵管堵塞，进而影响未来的生育能力，多次手术还会增加子宫内膜变薄的风险，导致习惯性流产或胎盘植入。
无论选择哪种方式，术后都需注意休息，避免劳累和受凉，保持会阴部清洁干燥，禁止盆浴和性生活至少一个月，饮食上多摄入富含优质蛋白和铁的食物如瘦肉、鸡蛋、菠菜等以促进身体恢复，若出现发热、腹痛加剧或出血量超过月经量等异常情况，应立即前往医院就诊复查。
