16岁女性来月经三年了还不规律可能是饮食不规律、功能性因素、内分泌失调等原因引起的，要正确地进行处理。
1、饮食不规律：如果平时经常食用含有激素类的食物或者暴饮暴食，会影响体内雌激素正常分泌，导致月经失调。女性需要合理饮食，吃一些含维生素多的食物，比如苹果、猕猴桃、白菜等。
2、功能性因素：女性处于青春发育期，虽然有月经来潮，但是卵巢轴功能发育尚不完善，则会引起月经不规律，不用过于担心，如果身体没有出现其他的不适，可以暂时不做治疗。
3、内分泌失调：如果平时学习压力比较大或者精神比较紧张，导致体内激素水平变化，影响正常的月经来潮，要注意多休息，保持充足的睡眠，逐渐地缓解症状。患者可以遵医嘱使用益母草颗粒、逍遥丸、血府逐瘀颗粒等药物进行治疗。
除了以上原因以外，还有可能是多囊卵巢综合征，如果身体出现不适，要及时地去医院就诊。
