慢性睾丸炎多数情况下可以痊愈。治疗效果主要与病因控制、治疗时机、个体免疫力等因素相关，规范治疗下预后良好。
细菌感染是慢性睾丸炎最常见病因，需通过尿培养或前列腺液检查明确病原体。大肠杆菌、葡萄球菌等革兰阴性菌感染占60%以上，可选用左氧氟沙星、头孢曲松等敏感抗生素。支原体、衣原体感染需使用多西环素或阿奇霉素。治疗周期通常需要4-6周，伴随附睾炎者需延长至8周。
慢性非细菌性炎症可能与长期久坐、阴囊外伤有关。阴囊托高可改善局部血液循环，每日温水坐浴2次能缓解坠胀感。反复发作的病例需排查是否存在精索静脉曲张或泌尿系统畸形，超声检查可明确诊断。
疾病发展过程中可能出现睾丸硬结、输精管增粗等病理改变。持续疼痛超过3个月者需警惕慢性盆腔疼痛综合征，可配合非甾体抗炎药如塞来昔布缓解症状。合并生育功能受损时应检测精液质量，约15%患者会出现暂时性少精症。
少数结核性睾丸炎需规范抗结核治疗6-9个月。对于药物治疗无效的局限性病灶，睾丸部分切除术可作为备选方案。所有患者在症状消失后仍需复查超声确认炎症完全吸收，避免复发转为慢性病程。
