艾滋阻断药的副作用因人而异，多数情况下可能出现轻微不适，少数情况下可能引发较严重反应。艾滋阻断药主要用于暴露后预防，常见副作用包括头痛、恶心、疲劳等，通常可自行缓解。若出现严重过敏反应或肝功能异常，需立即就医。
使用艾滋阻断药后，部分人可能出现胃肠道反应如食欲下降、腹泻，或神经系统症状如头晕、失眠。这些症状通常出现在用药初期，随着用药时间延长逐渐减轻。服药期间保持充足水分摄入有助于缓解不适，避免空腹服药可减少胃肠道刺激。
极少数情况下可能发生严重副作用，包括皮疹伴发热、面部肿胀等过敏反应，或尿液颜色加深、皮肤黄染等肝功能损害表现。出现这些症状应立即停药并就医。合并乙肝病毒感染、肾功能不全等基础疾病者，用药前需告知医生评估风险。
服用艾滋阻断药期间应避免饮酒，定期监测肝肾功能。用药28天内出现任何异常症状都需及时联系医生，不可自行调整剂量或停药。完成整个用药周期对阻断效果至关重要，即使出现轻微副作用也应坚持服药，必要时医生会调整用药方案。
