治疗扁平疣通常没有绝对最好的外用药，选择需根据皮损特点、患者耐受性及医生评估决定，常用外用药主要有维A酸乳膏、咪喹莫特乳膏、氟尿嘧啶软膏、水杨酸软膏以及干扰素凝胶等。
一、维A酸乳膏
维A酸乳膏是一种维甲酸类药物，能够调节表皮细胞分化，抑制角质形成细胞过度增殖，从而促使扁平疣体逐渐脱落。它适用于数量较少、疣体较扁平的皮损。使用初期可能出现局部皮肤发红、脱屑或轻微刺痛，这属于药物起效的常见反应。通常建议在睡前点涂于疣体上，并注意避光。该药物对皮肤有一定刺激性，不建议用于面部等皮肤娇嫩部位，且孕妇、哺乳期妇女禁用。使用期间应加强皮肤保湿与防晒。
二、咪喹莫特乳膏
咪喹莫特乳膏是一种免疫调节剂，通过刺激局部皮肤产生干扰素等细胞因子，激活人体自身的免疫系统来识别并清除人乳头瘤病毒，从而达到治疗扁平疣的目的。它尤其适用于反复发作、面积较大的疣体。使用时可能引起局部炎症反应，如红斑、水肿、糜烂或灼痛感，这通常是免疫应答的表现。该药膏通常隔日使用一次，用药后需洗手。治疗周期相对较长，需要患者有较好的依从性。同样不推荐用于黏膜部位。
三、氟尿嘧啶软膏
氟尿嘧啶软膏是一种抗代谢类药物，能够抑制病毒DNA合成，干扰疣体细胞的增殖，导致疣组织坏死、脱落。它对于顽固性、肥厚性的扁平疣效果可能更明显。该药膏局部刺激性较强，使用时必须精确点涂于疣体，避免接触周围正常皮肤，否则可能导致正常皮肤出现红肿、疼痛甚至溃烂。治疗期间疣体周围可能出现色素沉着或色素减退。由于潜在副作用，必须在医生严密指导下使用，儿童、孕妇及备孕女性通常禁用。
四、水杨酸软膏
水杨酸软膏属于角质剥脱剂，具有腐蚀和松解角质的作用，能够逐步软化并剥脱疣体增厚的角质层，使疣体变小、脱落。它适用于疣体表面角化明显、质地较硬的皮损。使用时需将药膏涂于疣体表面，通常需要连续使用数周。可能出现的不良反应包括局部刺激、干燥和脱皮。该药物作用相对温和，但见效较慢，对于较深的疣体可能效果有限。使用过程中应注意保护周围健康皮肤，避免用于破损或感染的皮肤。
五、干扰素凝胶
干扰素凝胶是一种生物制剂，主要成分是重组人干扰素α-2b，具有广谱抗病毒和免疫调节作用，可以直接抑制人乳头瘤病毒的复制，增强局部细胞免疫。它适用于不愿接受刺激性治疗或皮肤敏感的患者。该药膏刺激性较小，但起效相对缓慢，需要较长时间坚持使用。常见不良反应为轻微瘙痒或灼热感，通常可耐受。干扰素凝胶可作为单一疗法，也常与其他物理治疗联合使用以提高疗效。储存时需注意冷藏。
扁平疣的治疗是一个循序渐进的过程，外用药物的选择和应用必须严格遵循皮肤科医生的指导，切勿自行购药或随意更改用法。治疗期间，患者应保持耐心，因为疣体的消退通常需要数周甚至数月时间。同时，注意保持良好的个人卫生习惯，避免搔抓或摩擦皮损，以防病毒自身接种扩散。饮食上建议均衡营养，适当补充维生素和优质蛋白，以增强机体免疫力。保证充足睡眠，避免过度劳累和精神紧张，这些都有助于疾病的康复。如果用药后出现严重刺激反应或疣体在治疗后短期内迅速增多，应及时复诊。
