磷霉素氨丁三醇颗粒与其他药物合用时需注意药物相互作用风险，主要涉及抗菌药物、电解质调节药物及胃肠道反应相关药物三类。
与β-内酰胺类抗生素如阿莫西林或氨基糖苷类如庆大霉素联用可能产生协同抗菌作用，但需监测肾功能指标。与含钙、镁的制酸剂如铝碳酸镁或铁剂同服会降低磷霉素吸收率，建议间隔2小时服用。与甲氧氯普胺等胃肠动力药合用可能加速药物排泄，影响疗效。
该药物可能引起轻度腹泻，与其它导致胃肠道反应的药物如非甾体抗炎药联用时会加重不适。与强效利尿剂如呋塞米合用时需警惕电解质紊乱风险，特别是低钾血症。
特殊人群需加强监测：糖尿病患者联用降糖药时应关注血糖波动，老年患者合并使用肾毒性药物如万古霉素需调整剂量。药物相互作用存在个体差异，联合用药期间出现异常症状应及时就医。
