萎缩性胃炎在病情稳定、症状轻微时中医调理较好，在伴有幽门螺杆菌感染、重度异型增生或急性发作时西医治疗较好。
中医治疗萎缩性胃炎的优势在于整体观念强，能够通过辨证论治改善患者胃脘隐痛、胀满不适、食欲不振等慢性症状，同时调节机体免疫功能，减轻胃黏膜的炎症反应，且长期服用副作用相对较小，适合病程较长、体质虚弱的患者进行慢病管理。西医治疗的优势在于针对性强，对于明确由幽门螺杆菌感染引起的病例，采用标准的四联疗法根除细菌效果确切，能迅速阻断疾病进展，对于伴有胃酸缺乏或明显消化不良的患者，补充消化酶或使用促胃肠动力药能快速缓解临床症状，且在监测和处理癌前病变方面拥有成熟的内镜随访与干预体系。
中医治疗的局限性在于起效相对缓慢，疗程较长，需要患者具备较高的依从性，且疗效受医师辨证水平影响较大，对于急性重症或合并严重并发症的情况难以迅速控制局面。西医治疗的局限性在于部分抗生素和抑酸药物长期使用可能引起肠道菌群失调、耐药性增加或掩盖早期病变信号，某些化学药物对肝肾功能存在潜在负担，且单纯西药治疗在改善患者全身伴随症状如乏力、失眠等方面效果不如中医综合调理显著。
萎缩性胃炎患者无论选择何种治疗方式，都应保持规律饮食，避免食用辛辣刺激性食物和腌制食品，戒烟限酒，注意腹部保暖，保持心情舒畅，定期前往医院进行胃镜复查以监测病情变化，切勿自行盲目用药或随意停药。
