甲状腺癌的预后通常较好，10年生存率可达90%以上，具体预后与肿瘤病理类型、分期、年龄、治疗方式及基因突变等因素密切相关。
甲状腺乳头状癌是最常见的病理类型，占80%-90%，生长缓慢且转移率低，预后最佳；滤泡状癌约占10%，易发生血行转移，预后次之；髓样癌和未分化癌较为罕见，但侵袭性强，生存率显著降低。肿瘤分期是核心影响因素，Ⅰ-Ⅱ期患者5年生存率超过98%，而Ⅳ期患者降至50%左右。
年龄是独立预后因素，20-55岁患者预后优于青少年及老年群体。规范治疗可显著改善预后，手术彻底切除后配合放射性碘治疗，能有效控制局部复发和远处转移。BRAF、RAS等基因突变与肿瘤侵袭性相关，定期监测TSH和甲状腺球蛋白水平对评估复发风险具有重要价值。
极少数未分化癌患者预后极差，中位生存期仅6个月。所有甲状腺癌患者均应终身随访，术后5年内每6-12个月需复查颈部超声和甲状腺功能。
